RNA酶MRP与RNA酶P（另一种核酶）虽功能不同，但两者特定区域的结构与序列相似，可能是由同一共祖蛋白演化而来 [1] 。 RNA酶MRP中RNA的一个位点突变可能与软骨毛发发育不良症候群（英语：Cartilage–hair hypoplasia）相关 [4] 。